נושא בריאות הגוף והנפש בקהילה הגאה מעסיק אותה מיום היווסדה – דרך האירועים המכוננים שהביאה עליה מגפת האיידס, עבור בתחום התאמות המגדר ועד הקמת המשפחה ותמיכה בתהליך הריון ואימוץ. רפואה היא הלב הפועם של החברה שלנו, אשר מדי יום ביומו אנו נפגשים בה והיא בנו, וככזו היא פלטפורמה מהפכנית לשינוי בכלים הכי נגישים וחשובים.
לאור זאת הבית הפתוח רואה את תחום הבריאות כאחת מהליבות עשייתו. עובדות ומתנדבות תחום הבריאות ממוקדות במתן שירותי בריאות איכותיים והוליסטיים לקהילה הגאה בירושלים, לצד קידום מדיניות בתחום הבריאות ופעילות חינוכית והסברתית להבטחת שירותי בריאות בטוחים, נגישים ואיכותיים לאנשים להט"בים ולצרכים הייחודיים שלהם.
בתחום הבריאות מפעיל הבית הפתוח מספר שירותים:
בריאות נפש ושירות פסיכו-סוציאלי (הייעוץ הפתוח), ובריאות מין (המרפאה הפתוחה – מרכז הבידוק למחלות מין).
